Đại học quốc gia Cao Hùng được thành lập tháng 2 năm 2000 bởi chính phủ Đài Loan, nhằm mục đích thu hẹp khoảng cách trong giáo dục giữa miền nam và miền bắc Đài Loan, thúc đẩy sự phát triển vượt trội nền kinh tế của khu vực phía Nam. Đại học quốc gia Cao Hùng là Học viện dẫn đầu về chất lượng giảng dạy và nghiên cứu ở khu vực phía Nam Đài Loan. Trường có tuổi đời khá non trẻ, nhưng đã đạt được những thành tựu đáng nể, xếp thứ hạng cao trên những bảng phân loại quốc gia và thế giới. Trường có 25 khoa và 7 viện nghiên cứu sinh. Năm 2006, số thí sinh dự thi vào viện nghiên cứu sinh tăng 9% so với năm 2005. Khoa Kinh Tế Học Ứng Dụng của trường được đánh giá cao trên các bảng xếp hạng học thuật thế giới. Đại học quốc lập Cao Hùng là tổ chức giáo dục đại học đầu tiên tại Đài Loan xây dựng liên kết với Liên Hợp Quốc, phổ biến và tuân thủ 17 giá trị phát triển bền vững SDGs.

Năm 2006, 2007, 2015-2016, trường được trao giải thưởng "Chương trình giảng dạy xuất sắc bậc Đại Học" của Bộ Giáo Dục & Đào Tạo Đài Loan. Năm 2018, trường được trao giải "Higher Education Intensive Project" và "Higher Deep Education Cultivation Project".

Trường được chính phủ tích cực đầu tư, rót vốn và đang dần hoàn thiện từng phần, với mục tiêu ban đầu trở thành học viện nghiên cứu xuất sắc, dẫn đầu khu vực phiá Nam.

Theo dự án của chính phủ, tháng 8 năm 2018, trường sẽ mở rộng hệ thống khoa ngành thêm 2 đơn vị: Khoa Kiến Trúc; Khoa Thiết Kế Đồ Hoạ và Sáng Tạo.

Theo xếp hạng học thuật của Times Higher Education, Đại học Quốc lập Cao Hùng xếp thứ hạng top 201-300 trường đại học có ảnh hưởng lớn nhất thế giới, đứng vị trí 56 trên bảng xếp hạng Best Young Universities 2019: Millennials - đồng thời là đại học trẻ duy nhất tại Đài Loan có mặt trên bảng xếp hạng danh giá này.